Fez pesquisas na aritmética e álgebra. Inventou os logaritmos independentemente de Napier, usando aproximações totalmente diferentes das que foram por ele utilizadas. Sua obra mais conhecida é Arithmetica integra, publicada em 1544. Na primeira parte desta obra, Stifel salienta as vantagens de se fazer a associação entre uma progressão aritmética e uma progressão geométrica, um século antes da invenção dos logaritmos. Apresentou também os coeficientes do desenvolvimento binomial até a ordem dezessete. Stifel já utilizava os sinais , e representava as incógnitas muitas vezes por letras.